Mueller gra dla Bayernu od 25 lat i zadebiutował w drużynie A pod wodzą trenera Jurgena Klinsmanna w 2008 roku. Zawodnik postanowił wyjaśnić kibicom sytuację związaną z jego odejściem z klubu w publicznym liście.
"Nawet po tylu latach, niezależnie od tego, ile minut rozegram, nadal bardzo lubię być na boisku z chłopakami i wspólnie walczyć o tytuły dla naszej drużyny. Łatwo mógłbym sobie wyobrazić, że pełniłbym tę rolę również w przyszłym roku. Klub świadomie zdecydował się jednak nie negocjować ze mną nowego kontraktu na kolejny sezon. Nawet jeśli nie było to zgodne z moimi osobistymi życzeniami, ważne jest, aby klub postępował zgodnie ze swoimi przekonaniami. Szanuję ten krok, którego zarząd i rada nadzorcza z pewnością nie wykonały lekko" - napisał legendarny piłkarz.
Jeszcze w styczniu dyrektor sportowy Max Eberl powiedział, że Mueller sam zdecyduje o swojej przyszłości w Bayernie. Oczekiwano również, że pozostanie w klubie jako sędzia po zakończeniu kariery zawodniczej.
Wychowanek Bayernu zdobył z nim m.in. 12 tytułów mistrza Niemiec, dwukrotnie triumfował w Lidze Mistrzów (2013, 2020). W tym sezonie Bawarczycy mają szansę zwyciężyć w obu tych rozgrywkach. Finał Champions League zaplanowano właśnie w Monachium.
Thomas Mueller zajmuje trzecie miejsce w klasyfikacji strzelców w historii klubu z dorobkiem 247 bramek. Wyprzedzają go tylko nieżyjący już Gerd Mueller - 570 i Robert Lewandowski - 344.
W tym sezonie ulubieniec kibiców grał jednak coraz mniej. W ostatnich trzech meczach przebywał na boisku łącznie tylko 13 minut (siedem z Bayerem Leverkusen w Lidze Mistrzów, sześć z Sankt Pauli, cały mecz na ławce rezerwowych z Unionem Berlin).
W reprezentacji Niemiec rozegrał 131 meczów (45 bramek), zdobywając m.in. mistrzostwo świata w 2014 roku.
35-letni napastnik nie zdradził jeszcze swoich planów na przyszłość, ale niektóre niemieckie media spekulują o możliwej przeprowadzce do północnoamerykańskiej ligi MLS.