Główka Ilkaya Gundogana i rzut karny Erlinga Haalanda w drugiej połowie zapewniły City trzecie miejsce w Premier League w ostatniej kolejce sezonu.
Jednak Grealish, rekordowy podpis klubu, nie pojechał na Craven Cottage na mecz, który Guardiola nazwał najważniejszym w kampanii City.
Nieobecność Anglika wywołała nowe pytania o jego przyszłość po sezonie spędzonym głównie na ławce rezerwowych.
Guardiola przyznał, że nie ma pewności, czy Grealish zostanie w City na początku przyszłego sezonu.
"To była kwestia selekcji" - powiedział Guardiola.
"To niesamowity zawodnik, który musi grać w piłkę co trzy dni. Nie stało się tak ani w tym sezonie, ani w poprzednim. On tego potrzebuje i to z nami, albo gdzieś indziej. I to jest pytanie do Jacka, jego agenta i klubu" - dodał.