Kariera trenerska „Pepa” rozpoczęła się 2 września 2007 roku od meczu czwartej ligi hiszpańskiej Barcelony B, którą się opiekował, przeciwko Premii na oczach około 2000 kibiców.
Na dobre w roli szkoleniowca zaistniał prowadząc do licznych sukcesów pierwszą drużynę Barcelony. Oficjalny debiut zaliczył 13 sierpnia 2008 w spotkaniu kwalifikacji Ligi Mistrzów z... Wisłą Kraków (4:0). Później trafił do Bayernu Monachium, gdzie współpracował m.in. z Robertem Lewandowskim, a następnie do Manchesteru City, w którym pracuje od 2016 roku.
Jako szkoleniowiec wywalczył 40 trofeów - 14 w trakcie pracy w Barcelonie w latach 2008-12, siedem w Bayernie Monachium (2013-16) oraz 19 jako trener „The Citizens”.
"Każdy tytuł zdobywa się bardzo trudno, niezależnie od rangi" - skomentował Hiszpan.
Po drugiej bramce, jaką zdobył Nico O’Reilly, w ekstazie szalał przy linii bocznej.
"Nie jestem sztuczną inteligencją, jestem człowiekiem i chcę świętować. Ale to nie miało nic wspólnego z brakiem szacunku wobec rywali czy ich kibiców. Po prostu chciałem się cieszyć ze swoimi" – zaznaczył Guardiola.
55-letni szkoleniowiec dwukrotnie - w Barcelonie (2008/09) i Manchesterze City (2022/23) - sięgnął po potrójną koronę, triumfując w jednym sezonie w lidze, krajowym pucharze i Lidze Mistrzów.