"Dziękuję prezesowi Rui Coście za możliwość pracy w Benfice. Reprezentowanie tego klubu było dla mnie zaszczytem i przywilejem. Składam również wyrazy uznania wszystkim pracownikom Benfica Campus, których profesjonalizm, zaangażowanie i kompetencje były wzorowe. Zawodnikom, z którymi miałem przyjemność współpracować, składam szczere podziękowania i życzę jak największych sukcesów zarówno w życiu osobistym, jak i zawodowym. Wychodzę z przekonaniem, że stworzyliśmy trwałą więź: mój zawodnik raz, mój zawodnik na zawsze” – napisał Mourinho na Instagramie.
Mourinho wrócił do Benfiki na drugą kadencję we wrześniu 2025 roku, zastępując Bruno Lage. Odniósł 27 zwycięstw w 45 meczach, zostawiając "Orły” na trzecim miejscu w tabeli Liga Portugal, w play-offach Ligi Mistrzów, w półfinale Pucharu Ligi oraz w ćwierćfinale Pucharu Portugalii.
Ostatecznie wraca do Realu Madryt za kwotę 15 milionów euro, gdyż Florentino Pérez uruchomił klauzulę jego wykupu po wygranych wyborach.