Werner porozumiał się z Lipskiem w sprawie wcześniejszego rozwiązania kontraktu o sześć miesięcy, co umożliwiło transfer.
"Timo Werner jest i pozostanie nieodłączną częścią historii sukcesów RB Lipsk" - powiedział dyrektor sportowy klubu, Marcel Schaefer.
"Życzymy mu wszystkiego najlepszego w MLS i w USA, zarówno zawodowo, jak i prywatnie!".
29-latek podpisał z San Jose kontrakt obowiązujący do czerwca 2028 roku, stając się drugim popularnym niemieckim piłkarzem, który dołączył do zespołu MLS po transferze Thomasa Muellera do Vancouver Whitecaps w sierpniu.
"Pozyskanie zawodnika o kalibrze Timo to ogromny sukces dla klubu i całej społeczności. Wierzę, że wniesie na boisko jakość, doświadczenie i przywództwo" - powiedział dyrektor sportowy i trener Earthquakes, Bruce Arena.
Po zdobyciu 28 bramek w Bundeslidze dla Lipska w przełomowym sezonie 2019/20, Werner przeniósł się do Chelsea.
Mimo triumfu w Lidze Mistrzów w 2021 roku, napastnik miał trudny okres na Stamford Bridge i często był krytykowany za nieskuteczność pod bramką rywali.
Wrócił do Lipska w 2022 roku, a następnie spędził półtora sezonu na wypożyczeniu w Tottenhamie, ale nie zdołał odzyskać dawnej formy.
Po powrocie do Lipska przed obecnym sezonem, rozegrał tylko trzy mecze w Bundeslidze.
"Ostatnie miesiące były dla mnie wymagające, ale wiele się nauczyłem i zabiorę te doświadczenia ze sobą w przyszłość" - powiedział Werner.
Werner będzie kontynuował treningi w Lipsku, zanim w połowie lutego przeniesie się do USA, by przygotować się do startu sezonu MLS.
Werner opuszcza Lipsk jako najlepszy strzelec w historii klubu, mając na koncie 113 goli w 216 występach we wszystkich rozgrywkach.
W barwach reprezentacji Niemiec rozegrał 57 spotkań i zdobył 24 bramki, ale od czerwca 2023 roku nie otrzymał powołania do kadry narodowej.