Premierowym występem napastnika na najwyższym ligowym szczeblu w Hiszpanii był mecz z Getafe CF, w którym Munoz asystował przy trafieniu Grzegorza Krychowiaka. W kolejnych latach snajper był wypożyczany do klubów rywalizujących w LaLiga2. Występował kolejno w Realu Zaragoza, Levante UD oraz UD Almeria, natomiast w 2018 roku definitywnie przeniósł się do Alcorcón. Po dwunastu miesiącach Juan został wykupiony za 1,5 mln € przez CD Leganes.

W barwach tej drużyny rozegrał łącznie 90 meczów, które okrasił szesnastoma golami i pięcioma asystami, a także przez pewien czas pełnił nawet funkcję kapitana popularnych Los Pepineros. 27-latek w swoim dorobku ma aż 199 występów na zapleczu LaLiga, w których strzelił łącznie 46 bramek i zanotował 13 ostatnich podań.  

Od nowego sezonu Juan Munoz będzie reprezentował barwy Zagłębia Lubin. Hiszpański napastnik związał się z Miedziowymi dwuletnim kontraktem.

"Do zespołu dołącza piłkarz o charakterystyce ofensywnej, który rozegrał blisko 200 spotkań w LaLiga 2. Juan jest wszechstronnym zawodnikiem, który w zależności od potrzeby, będzie mógł występować na pozycjach typowej "10" oraz napastnika, dzięki czemu trener Waldemar Fornalik będzie miał jeszcze większe pole manewru przy ustalaniu składu" – powiedział Prezes Zarządu Zagłębia Lubin S.A., Michał Kielan.

"Zagłębie będzie jego pierwszym zagranicznym klubem w dotychczasowej karierze, dlatego Juan jest podwójnie zmotywowany, by zaprezentować się na polskich boiskach z jak najlepszej strony i tym samym dać zespołowi dużo jakości, którą niewątpliwie posiada".

"Juan Munoz wzmocni naszą ofensywę. Jest to zawodnik o charakterystyce dwupozycyjnej, mogący występować zarówno jako ofensywny pomocnik, jak i napastnik. Posiada spore doświadczenie zebrane na zapleczu LaLiga i zdecydował się przyjąć pierwszą w swojej karierze ofertę spoza Hiszpanii" – mówi Dyrektor Pionu Sportowego, Piotr Burlikowski.

"Co istotne, Juan wciąż chce się rozwijać, zamierza zaprezentować pełnię swoich możliwości na boiskach Ekstraklasy i pójść w ślady hiszpańskich kolegów, którzy w naszej lidze często są wyróżniającymi się piłkarzami. Witamy w Lubinie i życzymy powodzenia".