Mateusz Janikowski dołączył do warszawskiej drużyny na początku sezonu 2018/19. Już w pierwszym sezonie gry dla stołecznych zdobył wraz z zespołem wicemistrzostwo Polski, po którym przeniósł się na dwuletnie wypożyczenie do Trefla Gdańsk. W sezonie 2021/22 przyjmujący wrócił do stolicy, gdzie spędził kolejne dwa lata pod wodzą Andrei Anastasiego, Roberto Santilliego oraz Piotra Grabana.
"Mateusz to ciekawy zawodnik, który pełnił w naszej drużynie wymagającą rolę, zastępując na boisku światowej klasy przyjmujących, niekiedy w bardzo trudnych momentach meczu czy sezonu. Dziękujemy za jego wkład w nasz zespół i życzymy powodzenia na kolejnym etapie siatkarskiej kariery" - powiedział Piotr Gacek, wiceprezes zarządu i dyrektor sportowy Projektu Warszawa.
W czasie gry dla warszawskiej drużyny Janikowski rozegrał 60 spotkań, w których zdobył 81 punktów. Jego najlepszym występem pod względem zdobyczy punktowej było wyjazdowe spotkanie z PGE Skrą Bełchatów w sezonie 2021/22, w którym przyjmujący zdobył 14 punktów, z czego 9 atakiem, 4 blokiem i 1 asem serwisowym.