23-latek nie pojechał na Craven Cottage z powodu urazu piszczeli, którego nabawił się w zeszłotygodniowej porażce w Pucharze Ligi z Brighton.
Opuszcza dwa mecze przeciwko Szkocji oraz spotkania z Macedonią Północną i Szwajcarią.
"Manchester United potwierdza, że Benjamin Sesko wycofał się z kadry Słowenii przed zbliżającą się trzytygodniową przerwą na mecze reprezentacji" - poinformował klub w poniedziałkowym oświadczeniu. "Benjamin przejdzie w tym tygodniu badania, zanim zostanie ustalony jego indywidualny plan powrotu do zdrowia".
Sesko, który w tym sezonie zdobył dla United dwa gole, w poniedziałek został czwartym piłkarzem klubu, który wycofał się z powołania do reprezentacji.
Marcus Rashford i Kobbie Mainoo również nie pojadą na zgrupowanie Anglii, a Karl Darlow wycofał się z kadry Walii.
Manchester United Michaela Carricka zajmuje odległe 12. miejsce w tabeli Premier League, mając na koncie zaledwie pięć punktów po pięciu pierwszych kolejkach.
Kolejny mecz rozegra u siebie z ostatnim w tabeli Tottenhamem 10 października.