Papanikolaou jest wychowankiem AEK Ateny, a seniorską karierę rozpoczynał w FC Platanias, a następnie przeniósł się do Panionios GSS. W 2020 roku przeniósł się do Polski i trafił do Rakowa Częstochowa.
W Polsce spędził blisko cztery lata, które były dla niego bardzo udane. Dla Medalików zagrał łącznie 118 meczów, strzelił 8 goli i miał 5 asyst. Zdobył z tym klubem mistrzostwo Polski oraz dwa puchary i superpuchary Polski.
Ostatnie dwa sezony spędził w tureckim Rizesporze. Dla tego tureckiego klubu wystąpił w 56 spotkaniach, strzelił 4 gole i miał 2 asysty. Teraz wraca do Polski i będzie grał dla Widzewa Łodź.
"Nie mogę się już doczekać najbliższego sezonu. Chcę być częścią tego, co buduje się w Widzewie. Zawsze wiedziałem też, że kiedyś wrócę do Polski, którą traktuję jak drugi dom. Lepsza okazja nie mogła się nadarzyć" – powiedział Giannis Papanikolaou dla klubowych mediów.
"Transfer Giannisa bardzo dobrze wpisuje się w strategię, którą konsekwentnie chcielibyśmy realizować. Chcemy budować kadrę w sposób przemyślany – nie tylko poprzez transfery, które wzbudzają największe emocje, ale również poprzez pozyskiwanie zawodników, którzy dzięki swoim umiejętnościom, doświadczeniu i charakterowi realnie podnoszą poziom rywalizacji oraz jakość całego zespołu" – przekazał dyrektor sportowy Widzewa Łódź, Artur Płatek.
