Do 2. kola poháru vstoupí 11 z 16 prvoligových týmů. Volný los mají účastníci letošní kvalifikace evropských pohárů Plzeň, pražské kluby Slavia se Spartou, Slovácko a také Mladá Boleslav. Středočeský klub rovněž zasáhne do MOL Cupu až ve 3. kole díky tomu, že v minulé ligové sezoně ovládl nadstavbovou skupinu mezi sedmým až desátým týmem po základní části.
Ve 2. kole se v polovině září představí 54 mužstev, oficiálním hracím dnem je středa 14. září. Pohárový triumf obhajuje Slovácko, které ve finále porazilo Spartu.