Portugalczyk wykorzystał precyzyjne podanie Jonny'ego Evansa tuż przed przerwą, by strzałem z pierwszej piłki pokonać bramkarza Burnley, Jamesa Trafforda.
Evansowi już wcześniej nie uznano gola dla Manchesteru United, choć Burnley także miało kilka szans na objęcie prowadzenia.
Goście czuli się bardziej komfortowo po przerwie, a przewidywalna drużyna rywali nie była w stanie stworzyć kolejnych dogodnych okazji.
Trzecie zwycięstwo United w sezonie dało im ósme miejsce w tabeli Premier League z dziewięcioma punktami po sześciu meczach.
Burnley zdobyło jeden punkt w pięciu meczach i zajmuje ostatnie miejsce ze względu na różnicę bramek.
Po kolejnych ligowych porażkach z Arsenalem i Brighton & Hove Albion oraz środowej przegranej z Bayernem Monachium, presja na trenerze Eriku ten Hagu rośnie.
Jednak kiedy potrzebował, aby jego kapitan dał przykład zespołowi, Fernandes pokazał jakość, a Czerwone Diabły wróciły na właściwe tory.
Evans, którego wcześniejsze trafienie głową po analizie VAR zostało anulowane ze względu na spalonego, wykonał idealne podanie do przodu nad obroną Burnley, a gdy piłka spadła, Fernandes uderzył prawą nogą, umieszczając ją w siatce.
Był to wspaniały moment dla 35-letniego Evansa, który powrócił do klubu na podstawie rocznej umowy pod koniec sezonu i zagrał po raz pierwszy dla United od 2015 roku.
"W tym klubie, jeśli nie wygrywasz meczów, będziesz pod ostrzałem" - powiedział Evans w wywiadzie dla TNT Sports.
"Niektórzy młodzi gracze tego nie doświadczyli, ale mam nadzieję, że mogę przyjść i dodać trochę spokoju. Mam nadzieję, że to może coś dla nas zapoczątkować".
Menedżer Ten Hag powiedział, że jego drużyna pokazała świetnego ducha zespołu i determinację, aby przetrwać intensywną presję Burnley na początku spotkania.
Bramkarz Manchesteru, Andre Onana, którego błąd w meczu z Bayernem w połowie tygodnia okazał się niezwykle kosztowny, świetnie obronił strzał głową Zeki Amdouniego.
"Wiemy, że byliśmy w trudnym momencie, ale wiedzieliśmy, że możemy z tego wyjść" - powiedział Fernandes.
"Oczywiście dzisiejszy występ nie był najlepszy, ale zdobyliśmy trzy punkty, co jest najważniejsze".