Rodri falhou a vitória do City por 5-1 no passado fim de semana contra o Burnley devido a fortes dores no mesmo joelho, um ano depois de ter sofrido uma lesão do ligamento cruzado anterior.
O jogador de 29 anos regressou em maio, mas desde então sofreu uma série de pequenos contratempos.
"Rodri é um jogador extraordinário, todos sabem", disse Guardiola esta sexta-feira. "Talvez tenha tido dificuldades em perceber que não se trata de seis meses ou 12. No Mundial (2026) será o melhor Rodri e na próxima época será o melhor Rodri. Este ano trata-se de como gerir isso".
"Esteve fora um ano. O corpo muda, o ritmo muda, é uma questão de tempo, se estiver saudável voltará", acrescentou o treinador espanhol.
Para colmatar a ausência de Rodri, o City apostou na contratação de Nico González, então no FC Porto, mas o médio ainda não conseguiu afirmar-se em Inglaterra.
O jogador formado no Barcelona substituiu Rodri durante os últimos 30 minutos do empate 2-2 na Liga dos Campeões contra o Mónaco, na quarta-feira, e cometeu uma grande penalidade nos instantes finais que custou a vitória ao City.
"Está a aprender e a melhorar. Precisamos dele", disse Guardiola sobre Nico.
"Rodri ainda não consegue aguentar o ritmo dos jogos durante 90 minutos. Fez um esforço incrível na semana passada contra o Manchester United, Nápoles e especialmente contra o Arsenal", continuou o treinador.
"Tento proteger os meus jogadores. Por vezes quero os melhores jogadores lá, mas tenho de os proteger", acrescentou.