Ceremonia pogrzebowa odbyła się w Bazylice Świętego Ambrożego, patrona miasta. Przed świątynią zgromadziły się tysiące osób. Powiewały wielkie czerwono-czarne sztandary AC Milan z numerem 6, jaki słynny piłkarz nosił na koszulce.
Pierwsi kibice zgromadzili się przed bazyliką już na kilka godzin przed mszą. Wznosili okrzyki i oddawali hołd zmarłemu. Wiele osób miało koszulki "Rossonerich" z jego numerem.
Na kamienicy koło bazyliki wywieszono transparent z hasłem: "Nieśmiertelna legenda, niezrównana ikona, której sztandar nigdy nie przestanie powiewać. Żegnaj, Kapitanie".
Trumna została przykryta białymi i czerwonymi różami. Za ołtarzem umieszczono sztandary Milanu, Interu oraz Serie A.
Na pogrzeb przybyło wielu byłych piłkarzy AC Milan, wśród nich m.in. Paolo Maldini, Marco van Basten, Pietropaolo Virdis, Mauro Tassotti, Alberico Evani, Giovanni Galli, Nevio Scala, Angelo Colombo, Marco Simone i Riccardo Montolivo. Klubowi koledzy Baresiego wynieśli później na ramionach jego trumnę z bazyliki.
Włoski minister sportu Andrea Abodi wchodząc na mszę powiedział, że Baresi zostawił dziedzictwo, które trzeba przejąć.
"Zawsze starał się łączyć klasę i styl z prostotą swojego zachowania. Przynależność do rodziny Milanu, a także do świata piłki nożnej jako całości, jest powodem, dla którego jest kochany przez wszystkich, a nie tylko przez kibiców tego klubu" - wspomniał minister.
Opat bazyliki ksiądz Carlo Faccendini powiedział w kazaniu, że "Franco był mistrzem".
"Wszyscy uznajemy jego klasę, wytrwałość i siłę. Był Maradoną wśród obrońców, najlepszym obrońcą wszech czasów, jak czytaliśmy w ostatnich dniach. Doceniamy jego przywództwo, był kapitanem przez wielkie „K”. Mistrz i jego liczne trofea, ale także jego porażki i gorzkie łzy" - wskazał.
Czytanie pierwszego fragmentu Ewangelii powierzono w czasie mszy byłemu piłkarzowi mediolańskiego Interu Giuseppe Bergomiemu, który w lutym tego roku podczas inauguracji zimowych igrzysk olimpijskich Mediolan-Cortina niósł płomień olimpijski z chorym już Baresim.