Holender, który był najszybszy w obu piątkowych sesjach, odbijając się od porażki w Singapurze w zeszłą niedzielę, pokonał w sobotę tor Suzuka z najlepszym czasem 1:30,267 sekundy na miękkich oponach.
Lando Norris z McLarena był drugi, ze stratą 0,240 sekundy, w ostatniej sesji przed kwalifikacjami, a jego australijski kolega z zespołu Oscar Piastri był trzeci.
Sergio Perez z Red Bulla był czwarty i stracił kolejne pół sekundy.
Max Verstappen, który wygrał w Japonii z pole position w zeszłym roku, prowadzi w klasyfikacji generalnej z przewagą 151 punktów nad Perezem po 15 z 22 rund i może zdobyć swój trzeci tytuł już w następnym wyścigu w Katarze.
Red Bull, niepokonany aż do Singapuru, zakończył rekordową serię 10. zwycięstw z rzędu Verstappena i passę 15 kolejnych zwycięstw zespołu sięgającą zeszłego roku, ma zamiar zapewnić tytuł konstruktorów na Suzuce.
Charles Leclerc i Carlos Sainz z Ferrari, którzy w piątek wyglądali na najbliższych rywali Red Bulla, zajęli piąte i szóste miejsce, a Lewis Hamilton i George Russell z Mercedesa siódme i ósme.
Fernando Alonso z Aston Martina był dziewiąty, a Guanyu Zhou z Alfy Romeo dziesiąty.